Бейбітшілік көшесінде орналасқан қазіргі Астана медицина университетінің іргетасы 1963 жылы қаланды. 1964 жылы 26 қазандағы Қазақ КСР Министрлер Кеңесінің қаулысымен оқу орны Целиноград медициналық институты болып ашылды. Алғашқы салынғанда екі бөлек ғимарат кейін ортасынан тағы бір қосымша үлкен ғимарат салынып, барлығы біріктірілді.
1997 жылы институт академия болып қайта құрылып, 2009 жылдың қаңтарынан бастап университет мәртебесіне қол жеткізді. Қазақстан Республикасы Үкіметінің қаулысы негізінде университет Ұлттық медициналық холдингтің құрамына енді. 2010 жылдың шілде айынан бастап Қазақстан Республикасы Денсаулық сақтау министрлігінің құзырына берілді.
Астана медицина университеті – еліміздегі ең ірі және қарқынды дамып келе жатқан медициналық университеттердің бірі, жоғары медициналық білім беру саласында зор беделге ие. Білім беру қызметтерін көрсетуде де, медицина ғылымы мен клиникалық қызметті дамытуда да өзіндік дәстүрлері бар.
